6月13日，喜茶官方就南京门店饮品检出微生物污染一事发文道歉，并说明正在进行的整改措施。12日，南京喜茶被曝因两门店4批次果茶（奶茶）检出微生物污染被约谈。据江苏新闻，当地市监局检测抽取16批次果茶（奶茶），涉及4品牌，5家门店。结果显示，4批次果茶（奶茶）存微生物感染（菌落总数及大肠菌群数值超标）。涉事奶茶有喜茶中山路分店的有多肉葡萄、多肉芝芝甘露、芝芝桃桃，和喜茶珠江路店的纯奶茶。