6月29日,日本东京都政府表示,为防止人群聚集导致新冠病毒传播,圣火进入东京后取消在公路上的传递。7月9日至16日,无法在公路上接力的火炬手超600人,他们将到会场直接参加点火仪式。海岛地区的传递正常举行。7月17日后,圣火的传递方式将根据疫情发展尽早做出判断。东京解除紧急状态宣言后,疫情呈现反弹趋势。6月28日,日本全国新增确诊病例1002例,东京首都圈约占七成。日本官员表示或重启紧急状态宣言。