10月4日，据共同社消息，日本召开临时内阁会议，菅义伟内阁在会上全体辞职。当天下午日本将召开临时国会通过首相指名选举，预计将选举自民党新总裁岸田文雄为日本第100任首相，随后再组建新内阁。菅义伟就职时支持率高达74%，后因抗疫不力饱受批评、支持率下降。日媒称其内阁历时384天，成日本战后第12个“短命”内阁。