1920年，陆元九生于安徽滁县一个教员家庭。他毕业于中央大学航空工程系，也是中国第一批系统学习航空技术的大学生。在大学四年中，陆元九学习了发动机专业的必修课，自学了空气动力学、飞机结构设计等课程。毕业后，陆元九留校任助教。

此后，陆元九考取了赴美第一批公费留学生，被分配进麻省理工学院航空工程系。陆元九选择了仪器学，该专业由著名自动控制专家德雷伯教授开设，他创立了惯性导航技术，力主将自动控制的理论和方法应用于惯性测量技术领域，即依靠控制技术来提高惯性测量系统的精度。从1945年到1949年间，陆元九埋头学习，并担任助教，开展了大量工作，取得丰硕成果。

1949年，陆元九获得博士学位后，被麻省理工学院聘为副研究员、研究工程师，在导师的科研小组中继续从事研究工作。

新中国成立后，陆元九决定返回故土回报祖国，但由于重重阻挠，他被迫滞留海外多年。直到1956年，陆元九才偷买了到上海的船票。

在20世纪50年代，惯性导航堪称世界一流技术。当时，中国科学院正在筹建自动化所，国家分配在这方面有专长的陆元九到自动化所，任研究员、研究室主任，后任副所长，参加筹建和惯性导航技术的研究开发。陆元九对我国的自动化研究起了开拓性的作用。这期间，陆元九除进行工业生产自动化研究外，还主持了飞行器自动控制研究、稳定系统研究等，都取得了成果。

20世纪60年代初，陆元九在中科院、中国科技大学同时负责多项工作，每天都要工作十几个小时。这期间，他还坚持撰写专著，把自己在陀螺、惯性导航方面的所学所用编撰成书。1964年，他的著作《陀螺及惯性导航原理（上册）》出版。这是我国惯性技术方面最早的专著之一。此书一改过去著作都以力学的观点和方法进行论述的情况，采用自动控制的观点和方法对陀螺及惯性导航原理进行了论述。这本书对我国惯性技术的发展起了重要的推动作用。

1965年，陆元九主持组建了中科院液浮惯性技术研究室并兼任研究室主任，主持开展了我国单自由度液浮陀螺、液浮摆式加速度表和液浮陀螺稳定平台的研制。在长春，我国第一台大型精密离心机也在他的主持下诞生了。

陆元九一直倡导要跟踪世界尖端技术，并在型号工作中贯彻“完善一代、研制一代、探索一代”的精神。在他的领导下，中国航天先后开展了静压液浮支撑技术等预先研究课题以及各种测试设备的研制工作。

陆元九极力主张改善试验条件和设施，以便研制高精度惯性仪表。由于他的努力，国家批准建立了惯性仪表测试中心，为我国惯性仪表研制创立了坚实基础。1982年他作为全国惯导与惯性技术专业组副组长、技术咨询分组组长，力主统筹规划，明确各研究单位的发展方向，防止低水平重复。他明确提出：应用于运载火箭的惯性器件应突破铍材应用、动压马达等技术关键；应用于战术导弹的惯性器件要解决快速启动、末段导引等技术；应用于卫星的惯性器件则要突破长寿命技术。

陆元九还非常重视人才培养工作，在中科院自动化研究所建所初期，他就组织科研人员开展技术学习和外语学习，还亲自讲授英文和专业课程。1984年，陆元九担任了航天工业部总工程师、科技委常委的职务。在他过问下，航天系统自培高学历人才已成风尚，航天人才断层问题逐步得到解决。

陆元九曾写过一篇文章，谈航天领域科学家社会责任构成要素。他说，航天科技工作者要有较强的专业技能及解决问题的能力，要有科学严谨的态度、务实的作风和锲而不舍的毅力，要善于发扬集体智慧，掌握试验技术。“我认为，做这项工作既要有跑百米的冲劲，又要有跑万米的耐力。即使在没有出现问题时，也要三思，居安思危，避免隐患。”他写道。

据报道，陆元九的“较真”，在航天领域出了名：“懂就懂，不懂不能装懂，老老实实做人。”他说，我们应该具有的科学精神就是一定要认真，老老实实地干活、不说任何假话。

“上天的产品，99分不及格，相当于零分。100分才及格，及格了还要评好坏。”陆元九说。

2021年6月，中共中央授予陆元九“七一勋章”。陆元九说：“希望新一代的科技工作者们，把创新当作一场没有终点的长跑，在党的旗帜的引领下，不忘初心、牢记使命，砥砺前行、科技报国，把人生最宝贵的年华奉献给我们伟大的国家和民族。”