9月17日，日本爱知·名古屋亚运会运动员住宿的“亚运村邮轮”被曝住宿安排混乱。在计划入住邮轮的日本运动员中，有一些男女运动员被安排同住一间房，还有日本运动员被安排与教练同住一间房。日本代表团副团长也表示，“我们接到报告称，住宿激活手续可能需要花费一些时间，或者无法顺利办理手续，导致部分选手不得不等待数小时”。目前日本代表团正在紧急调整住宿安排。